Cryptic biodiversity and phylogenetic relationships revealed by DNA barcoding of Oriental black flies in the subgenus<i>Gomphostilbia</i>(Diptera: Simuliidae)
Notice bibliographique
Résumé
Understanding the medical, economic, and ecological importance of black flies relies on correct identification of species. However, traditional taxonomy of black flies is impeded by a high degree of morphological uniformity, especially the presence of cryptic biodiversity, historically recognized by details of chromosomal banding patterns. We assess the utility of DNA barcoding, based on cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) sequences, for identifying 13 species of Oriental black flies in the subgenus Gomphostilbia. Samples of larvae fixed in Carnoy's solution were used to gather molecular and chromosomal data from the same individual. We found that larvae refrigerated in Carnoy's fixative for as long as 11 years can be used for DNA study. Levels of intraspecific genetic divergence, based on the Kimura-2 parameter, range from 0% to 9.28%, with a mean of 2.75%, whereas interspecific genetic divergence ranges from 0.34% to 16.05%. Values of intraspecific and interspecific genetic divergence overlap in seven species owing to incomplete lineage sorting and imperfect taxonomy, implying that DNA barcoding to identify these species will be ambiguous. Despite a low level of success, we found that DNA barcoding is useful in revealing cryptic biodiversity, potentially facilitating traditional taxonomy. Phylogenetic analyses indicate that species groups currently recognized on morphological criteria are not monophyletic, suggesting a need to reevaluate the classification of the subgenus Gomphostilbia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».