Functional discoveries from crystal structures of proteins from<i>M. tuberculosis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Genomic-DNA analysis on number of organisms is now accomplished.Using these information, comprehensive structure analysis of transcription factors for their structure-based functional understanding is in progress.Our research target is transcription factors including putative ones from hyper-thermophilic archaeon P.horikoshii, mesophilic bacteria C.glutamicum and vertebrates H.sapience.Target proteins were cloned, over-expressed, purified and purified proteins were tried crystallization for X-ray crystal structure analysis.We had already succeeded in structure analysis of three of them, PH1161 [1] and PH1932 from P.horikoshii and CGL2612 from C.glutamicum.PH1161 protein is a homologue of bacterial transcriptional activator TenA, and PH1932 and CGL2612 are homologue of transcriptional repressor protein ArsR and QacR, respectively.As a further functional analysis, recognition DNA sequences of PH1932 and CGL2612 proteins were analyzed using the SELEX (Systematic Evolution of Ligand by EXponential enrichment) method.The SELEX suggested several consensus sequence of DNA recognized by these proteins, providing indispensable information to reveal their biological functions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».