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Enregistrement W1968968052 · doi:10.1094/pdis-05-11-0412

First Report of the Walnut Witches'-Broom Phytoplasma on Japanese and Black Walnut in Iowa

2011· article· en· W1968968052 sur OpenAlexaboutno aff
Hye Young Yun, T. C. Harrington

Notice bibliographique

RevuePlant Disease · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePhytoplasmas and Hemiptera pathogens
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPhytoplasmaBiologyBroomJuglansBotanyOrnamental plantHorticultureJuglandaceae16S ribosomal RNAPolymerase chain reactionGeneGeneticsRestriction fragment length polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A single Japanese walnut (Juglans ailantifolia Carrière, an ornamental, deciduous tree) with symptoms of witches'-brooms and branch dieback, consistent with those associated with the walnut witches'-broom (WWB) phytoplasma (1), was observed near Ames, IA. No other Japanese walnut trees were present in the planting and the numerous black walnut (Juglans nigra L.) trees were asymptomatic. Leaf samples were collected in September 2009 from witches'-brooms as well as from two asymptomatic branches from the Japanese walnut tree and from three branches each from two nearby (10 m and 100 m away, respectively) black walnut trees. The presence of phytoplasma was tested using DNA extracted (sodium dodecyl sulfate and potassium acetate methods) from the midvein of individual leaves and PCR with universal phytoplasma primers P1 and P7, which amplify from the beginning of the 16S rDNA to the beginning of the 23S rDNA gene (4). Each of the five symptomatic leaves yielded a PCR product, but the two asymptomatic leaves from the sole Japanese walnut tree did not. One of the three asymptomatic leaves from a black walnut tree (100 m away) was also positive. In a subsequent round of PCR, with the nested primers R16F2 and R16R2 (4), three additional asymptomatic leaves from the two black walnut trees were positive. The P1/P7 or R16F2/R16R2 products from each of the three trees were directly sequenced or cloned into a TA vector and sequenced using vector primers. The BLAST searches (v. 2.2.2.4) of these sequences most closely matched the sequences of the WWB phytoplasma and other members of the 16SrIII group (peach X-disease). The closest matches for the full P1/P7 sequence from the Japanese walnut (GenBank Accession No. HQ221553, 1,814 bp) were with those of phytoplasmas associated with WWB from two black walnut trees in Georgia (AF190227, 1,812 of 1,815 bp matching; and AF190226, 1,808 of 1,815 bp matching), spiraea stunt (AF190228, 1,808 of 1,814 bp), and western X (AF533231, 1,807 of 1,814 bp). The iPhyClassifier restriction fragment length polymorphism similarity coefficient was 0.99 for L33733 (Canadian peach X phytoplasma) and 0.98 for AF190226. Sequence HQ221553 differed by 10 bp from the sequence from the asymptomatic black walnut tree that was 100 m away (HQ221554, 1,815 bp), which matched closest to one of the black walnut samples from Georgia (AF190227, 1,807 of 1,816 bp). A 1,029-bp fragment from the second black walnut tree (10 m away) differed by 1 or 2 bp from the Georgia WWB accessions. To our knowledge, this is the first report of WWB symptoms in Iowa and the first identification of the WWB phytoplasma outside of Georgia (1). The disease, however, is more widely known (Illinois, Indiana, and Ohio) and may cause serious reduction in nut production (1-3). It can be lethal to Juglans spp., especially to exotic species such as Japanese walnut (2,3). The native black walnut is thought to be relatively resistant to tolerant of WWB (2,3) and may only show growth decline with no symptoms, except for broom production from cut surfaces (3). Care should be taken in moving planting stock of black walnut (4) because asymptomatic trees may harbor the phytoplasma. References: (1) J. Chen et al. Plant Dis. 76:1116, 1992. (2) C. E. Seliskar. For. Sci. 22:144, 1976. (3) W. A. Sinclair et al. Diseases of Trees and Shrubs. Cornell University Press, Ithaca, NY, 1987. (4) L. Ward. Juglans (Walnut). Post-Entry Quarantine Testing Manual. Biosecurity New Zealand, Ministry of Agriculture and Forestry, Auckland, 2008.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,180

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,186
Écart entre enseignants0,158 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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