Coding Gene SNP Mapping Reveals QTL Linked to Growth and Stress Response in Brook Charr (<i>Salvelinus fontinalis</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Growth performance and reduced stress response are traits of major interest in fish production. Growth and stress-related quantitative trait loci (QTL) have been already identified in several salmonid species, but little effort has been devoted to charrs (genus Salvelinus). Moreover, most QTL studies to date focused on one or very few traits, and little investigation has been devoted to QTL identification for gene expression. Here, our objective was to identify QTL for 27 phenotypes related to growth and stress responses in brook charr (Salvelinus fontinalis), which is one of the most economically important freshwater aquaculture species in Canada. Phenotypes included 12 growth parameters, six blood and plasma variables, three hepatic variables, and one plasma hormone level as well as the relative expression measurements of five genes of interest linked to growth regulation. QTL analysis relied on a linkage map recently built from S. fontinalis consisting of both single-nucleotide polymorphism (SNP, n = 266) and microsatellite (n =81) markers in an F(2) interstrain hybrid population (n = 171). We identified 63 growth-related QTL and four stress-related QTL across 18 of the 40 linkage groups of the brook charr linkage map. Percent variance explained, confidence interval, and allelic QTL effects also were investigated to provide insight into the genetic architecture of growth- and stress-related QTL. QTL related to growth performance and stress response that were identified could be classified into two groups: (1) a group composed of the numerous, small-effect QTL associated with some traits related to growth (i.e., weight) that may be under the control of a large number of genes or pleiotropic genes, and (2) a group of less numerous QTL associated with growth (i.e., gene expression) and with stress-related QTL that display a larger effect, suggesting that these QTL are under the control of a limited number of genes of major effect. This study represents a first step toward the identification of genes potentially linked to phenotypic variation of growth and stress response in brook charr. The ultimate goal is to provide new tools for developing Molecular Assisted Selection for this species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».