Culturing and direct DNA extraction find different fungi from the same ericoid mycorrhizal roots
Notice bibliographique
Résumé
• This study compares DNA and culture-based detection of fungi from 15 ericoid mycorrhizal roots of salal (Gaultheria shallon), from Vancouver Island, BC Canada. • From the 15 roots, we PCR amplified fungal DNAs and analyzed 156 clones that included the internal transcribed spacer two (ITS2). From 150 different subsections of the same roots, we cultured fungi and analyzed their ITS2 DNAs by RFLP patterns or sequencing. We mapped the original position of each root section and recorded fungi detected in each. • Phylogenetically, most cloned DNAs clustered among Sebacina spp. (Sebacinaceae, Basidiomycota). Capronia sp. and Hymenoscyphus erica (Ascomycota) predominated among the cultured fungi and formed intracellular hyphal coils in resynthesis experiments with salal. • We illustrate patterns of fungal diversity at the scale of individual roots and compare cloned and cultured fungi from each root. Indicating a systematic culturing detection bias, Sebacina DNAs predominated in 10 of the 15 roots yet Sebacina spp. never grew from cultures from the same roots or from among the > 200 ericoid mycorrhizal fungi previously cultured from different roots from the same site.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».