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Enregistrement W1969740754 · doi:10.5539/ijb.v5n2p64

Phylogeny of the Plant Salinity Tolerance Related HKT Genes

2013· article· en· W1969740754 sur OpenAlexvenueno aff
Sameera O. Bafeel

Notice bibliographique

RevueInternational Journal of Biology · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Stress Responses and Tolerance
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSalinityPhylogeneticsBiologyGeneEvolutionary biologyComputational biologyGeneticsEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Success in the extension of crop production in the salt affected area may help to meet the demand of the world’s hunger. In plants, Na+ permeable HKT (High-affinity K+ Transporter) gene family represents a primary mechanism for mediating salt tolerance. Better understanding of the relationship among HKT genes may provide a framework for the development of salt tolerance cultivars. In this study, phylogeny of plant-HKT gene family using the available nucleotide sequences in the current databases was examined. This study showed a total of 6 phylo-groups. Phylogenetic analyses based on HKT gene sequences demonstrated distinct lineages for monocots and eudicots. Group I, II and VI contained only monocots. Eudicots were clustered in group III, IV and V. A stable relationship was observed among the members of the group I (previously described as subfamily 2). Overall pairwise mean distance was very high (1.13), indicating the high level of diversity of the HKT gene family. Observed pairwise distances were: Group 4 (eudicots, 0.81) > group 6 (monocots, 0.52) > group 2 (monocots, 0.35) > group 1 (monocots, 0.33) ? group 5 (eudicots, 0.33) > group 3 (eudicots, 0.17).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,898
Score d'incertitude au seuil0,339

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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