Genotyping the BDNF rs6265 (val66met) polymorphism by one-step amplified refractory mutation system PCR
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The brain derived neutrophic factor (BDNF), a 27 kD polypeptide, is one of the most widely expressed neurotrophins in the brain, regulating neural development and plasticity. The BDNF gene contains a functional single-nucleotide polymorphism (rs6265), which results in a valine to methionine substitution (val66met), leading to reduced mature BDNF expression. This polymorphism has been widely implicated in a host of psychiatric disorders and is a focus of many ongoing psychiatric genetic studies. OBJECTIVE: To develop an efficient and rapid method to detect the val66met polymorphism in a one-step PCR reaction. METHOD AND RESULTS: We have designed four PCR primers that amplify the BDNF gene region containing rs6265. The specificity of the four primers in a single PCR reaction amplifies two allele-specific amplicons (253 and 201 bp) and the entire region (401 bp) as an internal control, which are easily distinguished on a polyacrylamide gel. The effectiveness and efficiency of the results are validated by traditional NlaIII restriction enzyme digestion, sequencing of resulting bands and confirmation on 308 genomic DNA samples. CONCLUSION: This new method describes a rapid, sensitive, cost effective and high throughput genotyping of the BDNF val66met polymorphism, ideal for large-scale genotyping studies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».