Identification of functional microRNAs released through asymmetrical processing of HIV-1 TAR element
Notice bibliographique
Résumé
The interaction between human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and RNA silencing pathways is complex and multifaceted. Essential for efficient viral transcription and supporting Tat-mediated transactivation of viral gene expression, the trans-activation responsive (TAR) element is a structured RNA located at the 5' end of all transcripts derived from HIV-1. Here, we report that this element is a source of microRNAs (miRNAs) in cultured HIV-1-infected cell lines and in HIV-1-infected human CD4+ T lymphocytes. Using primer extension and ribonuclease (RNase) protection assays, we delineated both strands of the TAR miRNA duplex deriving from a model HIV-1 transcript, namely miR-TAR-5p and miR-TAR-3p. In vitro RNase assays indicate that the lack of a free 3' extremity at the base of TAR may contribute to its low processing reactivity in vivo. Both miR-TAR-5p and miR-TAR-3p down-regulated TAR miRNA sensor activity in a process that required an integral miRNA-guided RNA silencing machinery. miR-TAR-3p exerted superior gene downregulatory effects, probably due to its preferential release from HIV-1 TAR RNA by the RNase III Dicer. Our study suggests that the TAR element of HIV-1 transcripts releases functionally competent miRNAs upon asymmetrical processing by Dicer, thereby providing novel insights into viral miRNA biogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».