Evolution of the nuclear-encoded cytochrome oxidase subunits in vertebrates
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Notice bibliographique
Résumé
Vertebrate mitochondrial cytochrome c oxidase (COX) possesses 10 nuclear-encoded subunits. Six subunits have paralogs in mammals, but the origins and distribution of isoforms among vertebrates have not been analyzed. We used Bayesian phylogenetic analysis to interpret the origins of each subunit, inferring the roles of gene and genome duplications. The paralogous ancestries of five genes were identical throughout the major vertebrate taxa: no paralogs of COX6c and COX7c, two paralogs of COX4 and COX6a, and three paralogs of COX7a. Two genes had an extra copy in teleosts (COX5a, COX5b), and three genes had additional copies in mammals (COX6b, COX7b, COX8). Focusing on early vertebrates, we examined structural divergence and explored transcriptional profiles across zebrafish tissues. Quantitative transcript profiles revealed dramatic differences in transcript abundance for different subunits. COX7b and COX4 transcripts were typically present at very low levels, whereas COX5a and COX8 were in vast excess in all tissues. For genes with paralogs, two general patterns emerged. For COX5a and COX8, there was ubiquitous expression of one paralog, with the other paralog in lower abundance in all tissues. COX4 and COX6a shared a distinct expression pattern, with one paralog dominant in brain and gills and the other in muscles. The isoform profiles in combination with phylogenetic analyses show that vertebrate COX isoform patterns are consistent with the hypothesis that early whole genome duplications in basal vertebrates governed the isoform repertoire in modern fish and tetrapods, though more recent lineage-specific gene/genome duplications also play a role in select subunits.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle