Whole genome duplication: challenges and considerations associated with sequence orthology assignment in Salmoninae
Notice bibliographique
Résumé
To illustrate some of the challenges and considerations in assigning correct orthology necessary for any comparative genomic investigation among salmonids, sequence data from the non-coding regions of different chromosomes in three members of the subfamily Salmoninae, rainbow trout Oncorhynchus mykiss, Atlantic salmon Salmo salar and Arctic charr Salvelinus alpinus, were compared. By analysing c. 55 distinct loci, corresponding to c. 142 kbp sequence information per species, 18 duplicated patterns representative of the two sequential rounds of teleost-specific whole genome duplications (i.e. 3R and 4R WGD) were identified. Sequence similarities between the 4R paralogues were c. 90%, which was slightly lower than those of the 4R orthologues and c. 60% for the 3R products. Through careful examination of the sequence data, however, only 14 loci could reliably be assigned as true orthologues. Locus-specific trees were constructed through maximum parsimony, maximum likelihood and neighbour-joining methods and were rooted using the information from a close relative, lake whitefish Coregonus clupeaformis. All approaches generated congruent trees supporting the {Coregonus [Salmo (Oncorhynchus, Salvelinus)]} topology. The general phenotypic characteristics of sequences, however, were highly suggestive of the basal position of Oncorhynchus, raising the hypothesis of an accelerated rate of nucleotide evolution in this species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,013 | 0,021 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».