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Enregistrement W1970407970 · doi:10.1186/1742-4690-6-s3-p244

P16-15. Epitope mapping of HIV-specific CD8+ T-cells responses by polyfunctional and proliferation responses reveal distinct specificity defined by function

2009· article· en· W1970407970 sur OpenAlexaff
ME Richmond, Lyle R. McKinnon, S Koesters Kiazyk, Charles Wachihi, Makobu Kimani, Joshua Kimani, FA Plummer, T. Blake Ball

Notice bibliographique

RevueRetrovirology · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensUniversity of TorontoPublic Health Agency of CanadaUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésEpitopeFunction (biology)Human immunodeficiency virus (HIV)CD8ImmunologyComputational biologyAntibodyBiologyMedicineVirologyCell biologyImmune system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Recent failures of HIV vaccine candidates aimed at inducing protective cellular immunity highlight our need to better characterize responses that are effective in slowing progression to AIDS. Previous work demonstrates that HIV infected subjects who experience slower disease progression maintain better HIV-specific CD8+ T-cell proliferation and polyfunctionality compared with normal progressing controls. While the specificity and breadth of HIV-specific CD8+ T-cell responses have been largely defined by measuring IFNγ, these responses may not be protective, and it is unclear whether the same epitopes would predominate if other functional parameters were considered. A better understanding of the fine specificity of HIV-specific CD8+ T-cells is critical to the design of vaccines intended to elicit protective cell-mediated immunity. Peripheral blood mononuclear cells from HIV infected individuals were stimulated overnight and for 6 days with an HIV-1 p24 peptide library. HIV-specific CD8+ T-cell responses were evaluated by polyfunctional flow cytometry measuring a variety of cytokines, cytotoxic potential, and proliferation. Eptiope-specific responses were identified and confirmed at a later time point. Across the entire data set there were 73 epitope-specific responses, corresponding to 54 unique epitopes. Of the 54 epitopes identified, 42 have not been fully characterized and 12 are considered Best Defined Epitopes (Los Alamos). 74% of epitope-specific responses were IFNγ negative and proliferation was observed in 18% of responses. Polyfunctional responses, characterized by co-expression of 2 or more immunological parameters, were detected in 47% of responses. These data reveal that the specificity and function of HIV-specific CD8+ T-cell responses differs depending on immunologic readout, and that the measurement of multiple parameters extends the breadth of HIV-specific responses greater than would be detected using IFNγ alone. It is possible to identify epitopes that elicit polyfunctional and proliferation responses, which will result in more effective immune targets for the development of future vaccine candidates.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,633
Score d'incertitude au seuil0,937

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2009
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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