Reply to the “Comment on 'Theoretical Study of Polaron Formation in Poly(G)–Poly(C) Cations'”
Notice bibliographique
Résumé
A dhikary and Sevilla 1 have commented on our theoretical study of polaron formation in poly(G)Àpoly(C) cations. 2 Adhikary and Sevilla's comment 1 clarified the interpretation of their experiments on the ESR spectrum of DNA oligomers, which reveal the localization of the hole in contiguous G sequences in B-DNA oligomers.3 They also emphasized that their experimental results are supported by the theoretical calculations of Voityuk and Blancafort, 4,5 and Kumar and Sevilla.6,7 According to our ONIOM calculations, 2 the hole in the poly(G)Àpoly(C) radical cation is delocalized over several guanine residues.In the theoretical calculations of Blancafort and Voityuk, 5 the charge distributions in the π-stacked GAG and GTG single strand were investigated.Kumar and Sevilla's calculation 6 on the GÀC radical cation with 11 water molecules was performed for only one GÀC base pair, and the 11 water molecules were optimized to be nearly in the plane of GÀC pair.These calculations do not accurately represent the real situation in B-DNA.For example, the GC + 11H 2 O scheme 6 has an optimized geometry with two water molecules near the N 1 (C) and N 9 (G) atoms.This geometry is not feasible for B-DNA oligomers, because N 1 (C) and N 9 (G) are bonded with the sugarÀphosphate backbone, and water molecules cannot be placed near them.Due to the presence of the sugarÀphosphate backbone, these two water molecules must be neglected in the calculation of B-DNA.Furthermore, the neighboring water molecules must be neglected because they form a hydrogen-bonding network and do not form hydrogen bonds with the GÀC base pair.Therefore, only seven
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,007 |
| Communication savante | 0,003 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,008 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,045 | 0,050 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».