The GacSâGacA two-component regulatory system of<i>Pseudomonas fluorescens</i>: a bacterial two-hybrid analysis
Notice bibliographique
Résumé
The two-component regulatory system comprised of the sensor kinase, GacS, and its response regulator, GacA, is involved in regulation of secondary metabolism and many other aspects of bacterial physiology. Although it is known that the sensor kinases RetS and LadS feed into the GacS/GacA system, the mechanism through which this occurs is unknown, as are the protein-protein interactions in this system. To characterize and define these interactions, we utilized a bacterial two-hybrid system to study the interactions of GacS and GacA from Pseudomonas fluorescens CHA0. Domains of GacA and GacS, identified through bioinformatics, were subcloned and their ability to interact in vivo was investigated. We found that the entire GacA molecule is required for GacA to interact with itself or GacS. Furthermore, the HisKA/HATPase/REC domains of GacS together are responsible for GacS interacting with GacA, while the HAMP domain of GacS is responsible for GacS interacting with itself. In addition, homologs of Pseudomonas aeruginosa hybrid sensor kinases, RetS and LadS, were identified in P. fluorescens, and shown to interact with GacS, but not GacA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».