The Quaternary Structure of the Saccharomyces cerevisiae Succinate Dehydrogenase
Notice bibliographique
Résumé
Succinate dehydrogenases and fumarate reductases are complex mitochondrial or bacterial respiratory chain proteins with remarkably similar structures and functions. Succinate dehydrogenase oxidizes succinate and reduces ubiquinone using a flavin adenine dinucleotide cofactor and iron-sulfur clusters to transport electrons. A model of the quaternary structure of the tetrameric Saccharomyces cerevisiae succinate dehydrogenase was constructed based on the crystal structures of the Escherichia coli succinate dehydrogenase, the E. coli fumarate reductase, and the Wolinella succinogenes fumarate reductase. One FAD and three iron-sulfur clusters were docked into the Sdh1p and Sdh2p catalytic dimer. One b-type heme and two ubiquinone or inhibitor analog molecules were docked into the Sdh3p and Sdh4p membrane dimer. The model is consistent with numerous experimental observations. The calculated free energies of inhibitor binding are in excellent agreement with the experimentally determined inhibitory constants. Functionally important residues identified by mutagenesis of the SDH3 and SDH4 genes are located near the two proposed quinone-binding sites, which are separated by the heme. The proximal quinone-binding site, located nearest the catalytic dimer, has a considerably more polar environment than the distal site. Alternative low energy conformations of the membrane subunits were explored in a molecular dynamics simulation of the dimer embedded in a phospholipid bilayer. The simulation offers insight into why Sdh4p Cys-78 may be serving as the second axial ligand for the heme instead of a histidine residue. We discuss the possible roles of heme and of the two quinone-binding sites in electron transport.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».