Abstract LB-333: A case-parent-triad approach in assessing risk of osteosarcoma associated with genetic variation in insulin-like growth factor 1/growth hormone axis genes: a Children's Oncology Group (COG) study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Osteosarcoma (OS) is a rare malignant bone tumor with an overall incidence rate of 4.6 cases per million children aged 0-19 years in the United States. OS incidence peaks sharply in adolescence coinciding with the pubertal growth spurt. While the etiology of OS is largely unknown, its distinctive age-incidence pattern suggests that growth and development is crucial in the genesis of OS. Prior studies have suggested that variants in genes in the insulin-like growth factor 1 (IGF1)/growth hormone (GH) axis pathway are associated with OS. We assessed this hypothesis by examining 307 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 12 genes from this pathway (GHRH, GH1, GHR, GHRHR, IGF1, IGF1R, IGF2, IGF2R, IGFBP1, IGFBP3, IGFBP6, AND IGFALS) in a case-parent-triad study of cases and their biological parents. The sample included 229 complete triads and 56 dyads diagnosed during 2008-2011 at Children's Oncology Group institutions. Buccal cell samples were collected via the Oragene kit (DNA Genotek, Ottawa, Ontario) and returned by mail; genotyping was conducted by Sequenom iPLEX Gold method. We used log-linear models to estimate relative risks (RR) and 95% confidence intervals (CI) associated with transmitting one or two copies of the variant compared to no copies. After Bonferroni correction, 2 SNPs in IGFBP1 (rs10231774: RR = 1.44 and 0.07 for 1 and 2 vs. 0 copies, respectively; p < 0.001) and IGFALS (rs2575352: RR = 2.82 and 0.22 for 1 and 2 vs. 0 copies, respectively; p < 0.001), both in the upstream coding regions of IGF pathway genes, were significantly associated with OS incidence. These results confirm previous findings that variation in the IGF1/GH axis influence OS risk and further support the axis’ biologically and epidemiologically plausible role in OS development. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr LB-333. doi:1538-7445.AM2012-LB-333
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».