Characterization of the Plant-Specific <i>BREVIS RADIX</i> Gene Family Reveals Limited Genetic Redundancy Despite High Sequence Conservation
Notice bibliographique
Résumé
To date, the function of most genes in the Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) genome is unknown. Here we present the first analysis of the novel, plant-specific BRX (BREVIS RADIX) gene family. BRX has been identified as a modulator of root growth through a naturally occurring loss-of-function allele. The biochemical function of BRX is enigmatic, however several domains in BRX are conserved in the proteins encoded by the related BRX-like (BRXL) genes. The similarity between Arabidopsis BRXL proteins within these domains ranges from 84% to 93%. Nevertheless, analysis of brx brx-like multiple mutants indicates that functional redundancy of BRXLs is limited. This results mainly from differences in protein activity, as demonstrated by assaying the propensity of constitutively expressed BRXL cDNAs to rescue the brx phenotype. Among the genes tested, only BRXL1 can replace BRX in this assay. Nevertheless, BRXL1 does not act redundantly with BRX in vivo, presumably because it is expressed at a much lower level than BRX. BRX and BRXL1 similarity is most pronounced in a characteristic tandem repeat domain, which we named BRX domain. One copy of this domain is also present in the PRAF (PH, RCC1, and FYVE)-like family proteins. The BRX domain mediates homotypic and heterotypic interactions within and between the BRX and PRAF protein families in yeast (Saccharomyces cerevisiae), and therefore likely represents a novel protein-protein interaction domain. The importance of this domain for BRX activity in planta is underscored by our finding that expression of the C-terminal fragment of BRX, comprising the two BRX domains, is largely sufficient to rescue the brx phenotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».