Conserved Usage of Alternative 5′ Untranslated Exons of the GATA4 Gene
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: GATA4 is an essential transcription factor required for the development and function of multiple organs. Despite this important role, our knowledge of how the GATA4 gene is regulated remains limited. To better understand this regulation, we characterized the 5' region of the mouse, rat, and human GATA4 genes. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: Using 5' RACE, we identified novel transcription start sites in all three species. GATA4 is expressed as multiple transcripts with varying 5' ends encoded by alternative untranslated first exons. Two of these non-coding first exons are conserved between species: exon 1a located 3.5 kb upstream of the GATA4 ATG site in exon 2, and a second first exon (exon 1b) located 28 kb further upstream. Expression of both mRNA variants was found in all GATA4-expressing organs but with a preference for the exon 1a-containing transcript. The exception was the testis where exon 1a- and 1b-containing transcripts were similarly expressed. In some tissues such as the intestine, alternative transcript expression appears to be regionally regulated. Polysome analysis suggests that both mRNA variants contribute to GATA4 protein synthesis. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: Taken together, our results indicate that the GATA4 gene closely resembles the other GATA family members in terms of gene structure where alternative first exon usage appears to be an important mechanism for regulating its tissue- and cell-specific expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».