Stoichiometry of P1 Plasmid Partition Complexes
Notice bibliographique
Résumé
The P1 plasmid prophage is faithfully partitioned by a high affinity nucleoprotein complex assembled at the centromere-like parS site. This partition complex is composed of P1 ParB and Escherichia coli integration host factor (IHF), bound specifically to parS. We have investigated the assembly of ParB at parS and its stoichiometry of binding. Measured by gel mobility shift assays, ParB and IHF bind tightly to parS and form a specific complex, called I + B1. We observed that as ParB concentration was increased, a second, larger complex (I + B2) formed, followed by the formation of larger complexes, indicating that additional ParB molecules joined the initial complex. Shift Western blotting experiments indicated that the I + B2 complex contained twice as much ParB as the I + B1 complex. Using mixtures of ParB and a larger polyhistidine-tagged version of ParB (His-ParB) in DNA binding assays, we determined that the initial I + B1 complex contains one dimer of ParB. Therefore, one dimer of ParB binds to its recognition sequences that span an IHF-directed bend in parS. Once this complex forms, a second dimer can join the complex, but this assembly requires much higher ParB concentrations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».