Temporal stability and age-related prevalence of loss of imprinting of the insulin-like growth factor-2 gene
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Loss of genomic imprinting (LOI) of the insulin-like growth factor-2 gene (IGF2) is an epigenetic change involving abnormal activation of the normally silent maternally inherited allele. LOI of IGF2 gene is found in tumor tissue, normal adjoining mucosa and peripheral blood lymphocytes (PBL) of some patients with colorectal cancer (CRC), suggesting that this alteration precedes and is a risk factor for CRC. However, whether LOI of IGF2 is transitory or remains a permanent epigenetic alteration is unknown. RESULTS: Four-hundred patients, mean age 60.7 years (range 15-95), 287 (80%) Caucasian were studied. This included 210 (51.4%) patients with no colorectal neoplasia, and 190 (48.6) with colorectal neoplasia. LOI of IGF2 was present in all age strata examined, and no statistically significant association across age strata (p trend > 0.05) was noted. Forty-nine patients had repeat analysis of blood imprinting status at a mean follow up time of 38.2 +/- 12.9 months. All but three patients had the same imprinting status at follow up (94% agreement, kappa 0.79, p < 0.001). Genomic imprinting was stable for patients with and without colorectal neoplasia. METHODS: Standard RT-PCR assays for imprinting analysis of IGF2 were performed on PBL from ApaI informative individuals recruited at baseline and repeated 1 to 3 years later. Prevalence of LOI of IGF2 was also evaluated according to age strata. CONCLUSION: LOI of the IGF2 gene in PBL appears to be a stable epigenetic phenomenon in most patients. Furthermore, LOI of IGF2 was not associated with age, suggesting an inherited or congenital epigenetic event. These findings support the concept that LOI of IGF2 may be a useful risk factor for CRC predisposition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».