Identification, structure and differential expression of novel pleurocidins clustered on the genome of the winter flounder, <i>Pseudopleuronectes americanus</i> (Walbaum)
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Antimicrobial peptides form one of the first lines of defense against invading pathogens by killing the microorganisms and/or mobilizing the host innate immune system. Although over 800 antimicrobial peptides have been isolated from many different species, especially insects, few have been reported from marine fish. Sequence analysis of two genomic clones (15.6 and 12.5 kb) from the winter flounder, Pseudopleuronectes americanus (Walbaum) resulted in the identification of multiple clustered genes for novel pleurocidin-like antimicrobial peptides. Four genes and three pseudogenes (Psi) are encoded in these clusters, all of which have similar intron/exon boundaries but specify putative antimicrobial peptides differing in sequence. Pseudogenes are easily detectable but have incorrect initiator codons (ACG) and often contain a frameshift(s). Potential promoters and binding sites for transcription factors implicated in regulation of expression of immune-related genes have been identified in upstream regions by comparative genomics. Using reverse transcription-PCR assays, we have shown for the first time that each gene is expressed in a tissue-specific and developmental stage-specific manner. In addition, synthetic peptides based on the sequences of both genes and pseudogenes have been produced and tested for antimicrobial activity. These data can be used as a basis for prediction of antimicrobial peptide candidates for both human and nonhuman therapeutants from genomic sequences and will aid in understanding the evolution and transcriptional regulation of expression of these peptides.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle