Discrimination of Differentially Inhibited Cysteine Proteases by Activity-Based Profiling Using Cystatin Variants with Tailored Specificities
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Recent research has shown the possibility of tailoring the inhibitory specificity of plant cystatins toward cysteine (Cys) proteases by single mutations at positively selected amino acid sites. Here we devised a cystatin activity-based profiling approach to assess the impact of such mutations at the proteome scale using single variants of tomato cystatin SlCYS8 and digestive Cys proteases of the herbivorous insect, Colorado potato beetle, as a model. Biotinylated forms of SlCYS8 and SlCYS8 variants were used to capture susceptible Cys proteases in insect midgut protein extracts by biotin immobilization on avidin-embedded beads. A quantitative LC-MS/MS analysis of the captured proteins was performed to compare the inhibitory profile of different SlCYS8 variants. The approach confirmed the relevance of phylogenetic inferences categorizing the insect digestive Cys proteases into six functionally distinct families. It also revealed significant variation in protease family profiles captured with N-terminal variants of SlCYS8, in line with in silico structural models for Cys protease-SlCYS8 interactions suggesting a functional role for the N-terminal region. Our data confirm overall the usefulness of cystatin activity-based protease profiling for the monitoring of Cys protease-inhibitor interactions in complex biological systems. They also illustrate the potential of biotinylated cystatins to identify recombinant cystatin candidates for the inactivation of specific Cys protease targets.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle