Crystal structure of<i>Saccharomyces cerevisiae</i>homologous mitochondrial matrix factor 1 (Hmf1)
Notice bibliographique
Résumé
We have initiated a structural genomics project based on selected protein families, with the representatives for structural studies obtained from the genome of E. coli. A total of 160 genes have been cloned to date, with 126 successfully overexpressing soluble protein with at least one fusion system. We are currently applying robotics methods allowing cloning in an automated manner. Target genes have been cloned as N-terminal fusions with GST, (His)6, or (His)8 affinity tags. Over 60 proteins have so far been purified to homogeneity. Purified proteins are further characterized for homogeneity and suitable solution properties using a combination of dynamic light scattering and electrophoretic methods. Purified protein samples are screened for initial crystallization conditions in 96-well format using a sparse-matrix approach. A specialized database has been developed to follow the progress of various proteins and to store all relevant experimental data (http://sgen.bri.nrc.ca/bsgi). Web-based software for displaying and searching the information from this local database and for tracking deposited structures in the PDB as well as the progress of other structural genomics projects has been developed. To date, crystals have been obtained for 37 of the purified proteins. of these, diffraction quality crystals were obtained for 16 proteins. Using SeMet-substituted proteins we have determined the structures of 13 of these proteins by MAD phasing. Structures determined include 2amino-3-ketobutyrate CoA ligase, part of the threonine salvage pathway, MoeA protein, involved in molydopterin biosynthesis, histidinol phosphate aminotransferase and L-histidinol dehydrogenase, two enzymes associated with histidine biosynthesis, and RsuA, a 16S rRNA psuedouridine synthase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».