Interplaying roles of native topology and chain length in marginally cooperative and noncooperative folding of small protein fragments
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Coarse‐grained chain simulations were used to study fragments of two homologous proteins of the peripheral subunit‐binding domain (PSBD) family, Bacillus stearothermophilus PSBD (E3BD) and Escherichia coli 2‐oxo‐glutarate dehydrogenase PSBD (BBL). To ascertain a robust rank order of folding cooperativity, native‐centric intraprotein interactions were modeled by (i) a common Gō‐like potential, and (ii) native‐centric potentials with desolvation barriers or (iii) many‐body terms. Homologous proteins can possess substantially different folding cooperativity. Consistent with experiment, our calculations indicated that E3BD fragments fold more cooperatively than BBL fragments of approximately the same chain length. For a given fragment, native contacts deduced from Protein Data Bank structures can vary significantly depending on the number of residues that the structure encompasses in addition to those of the fragment itself, resulting in variation in model folding cooperativity predicted using different native contact sets for the same fragment. This observation underscores that folding cooperativity of these fragments can be extremely sensitive to change in chain length. Thus, a ∼40‐residue protein fragment's folding cooperativity, or lack thereof, does not necessarily imply essentially identical behaviors for super‐ or sub‐fragments with only several residues more, or less, than the given fragment. Ramifications for experimental investigations of downhill folding are discussed. © 2009 Wiley Periodicals, Inc. Int J Quantum Chem, 2009
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».