Comparative Transcriptome Profiling of the Early Infection of Wheat Roots by Gaeumannomyces graminis var. tritici
Notice bibliographique
Résumé
Take-all, which is caused by the fungal pathogen, Gaeumannomyces graminis var. tritici (Ggt), is an important soil-borne root rot disease of wheat occurring worldwide. However, the genetic basis of Ggt pathogenicity remains unclear. In this study, transcriptome sequencing for Ggt in axenic culture and Ggt-infected wheat roots was performed using Illumina paired-end sequencing. Approximately 2.62 and 7.76 Gb of clean reads were obtained, and 87% and 63% of the total reads were mapped to the Ggt genome for RNA extracted from Ggt in culture and infected roots, respectively. A total of 3,258 differentially expressed genes (DEGs) were identified with 2,107 (65%) being 2-fold up-regulated and 1,151 (35%) being 2-fold down-regulated between Ggt in culture and Ggt in infected wheat roots. Annotation of these DEGs revealed that many were associated with possible Ggt pathogenicity factors, such as genes for guanine nucleotide-binding protein alpha-2 subunit, cellulase, pectinase, xylanase, glucosidase, aspartic protease and gentisate 1, 2-dioxygenase. Twelve DEGs were analyzed for expression by qRT-PCR, and could be generally divided into those with high expression only early in infection, only late in infection and those that gradually increasing expression over time as root rot developed. This indicates that these possible pathogenicity factors may play roles during different stages of the interaction, such as signaling, plant cell wall degradation and responses to plant defense compounds. This is the first study to compare the transcriptomes of Ggt growing saprophytically in axenic cultures to it growing parasitically in infected wheat roots. As a result, new candidate pathogenicity factors have been identified, which can be further examined by gene knock-outs and other methods to assess their true role in the ability of Ggt to infect roots.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».