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Enregistrement W1973830523 · doi:10.1104/pp.114.252825

The Exosome and Trans-Acting Small Interfering RNAs Regulate Cuticular Wax Biosynthesis during Arabidopsis Inflorescence Stem Development

2014· article· en· W1973830523 sur OpenAlexaff
Patricia Lam, Lifang Zhao, Nathan Eveleigh, Yu Yu, Xuemei Chen, Ljerka Kunst

Notice bibliographique

RevuePLANT PHYSIOLOGY · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Surface Properties and Treatments
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésBiologyArabidopsisRNARNA silencingSmall interfering RNASmall RNATrans-acting siRNACell biologyGeneGene expressionEffectorGeneticsRNA interferenceMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The primary aerial surfaces of land plants are covered with a cuticle, a protective layer composed of the cutin polyester matrix and cuticular waxes. Previously, we discovered a unique mechanism of regulating cuticular wax biosynthesis during Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) stem elongation that involves ECERIFERUM7 (CER7), a core subunit of the exosome. Because loss-of-function mutations in CER7 result in reduced expression of the wax biosynthetic gene CER3, we proposed that CER7 is involved in degrading a messenger RNA encoding a CER3 repressor. To identify this putative repressor, we performed a cer7 suppressor screen that resulted in the isolation of the posttranscriptional gene-silencing components RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE1 and SUPPRESSOR OF GENE SILENCING3, indicating that small RNAs regulate CER3 expression. To establish the identity of the effector RNA species and determine whether these RNAs control CER3 transcript levels directly, we cloned additional genes identified in our suppressor screen and performed next-generation sequencing of small RNA populations that differentially accumulate in the cer7 mutant in comparison with the wild type. Our results demonstrate that the trans-acting small interfering RNA class of small RNAs are the effector molecules involved in direct silencing of CER3 and that the expression of five additional genes (EARLY RESPONSE TO DEHYDRATION14, AUXIN RESISTANT1, a translation initiation factor SUI1 family protein, and two genes of unknown function) is controlled by both CER7 and trans-acting small interfering RNAs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,510
Score d'incertitude au seuil0,428

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,170
Écart entre enseignants0,148 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations86
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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