Conspecificity of DAOM 197198, the model arbuscular mycorrhizal fungus, with <i>Glomus irregulare</i>: molecular evidence with three protein-encoding genes
Notice bibliographique
Résumé
Ribosomal nuclear genes are routinely utilized in the molecular identification of fungi. The variation in the multiple copies of these genes within each Glomeromycota strain and species reduces their usefulness for molecular characterization of arbuscular mycorrhizal fungi. To explore the potential of molecular tools for the identification of Glomus species, a multi-gene analysis approach was undertaken. Three protein-encoding genes were tested, namely elogation factor 1-α (765 bp), V-H+-ATPase VHA5 (1468 bp), and F0F1-ATPase β-subunit (621 bp). The latter is newly reported for the Glomeromycetes. Eleven species, including the type-specimen of Glomus irregulare Blaszk., Wubet, Renker & Buscot, a reference strain of G. intraradices N.C. Schenck & G.S. Sm. (DAOM 225240), and five strains of Glomus sp. formerly identified as G. intraradices, were analysed. These genes did not show polymorphisms within strains, and results indicated a close relationship between molecular identification and morphological characterization. Species with closely related spore morphological features, G. aggregatum N.C. Schenck & G.S. Sm., G. diaphanum Morton & Walker, G. irregulare , and Glomus sp. DAOM 197198, showed more than 99% nucleotide similarity, while the morphologically distinct species, G. cerebriforme McGee, G. clarum T.H. Nicolson & N.C. Schenck, G. claroideum N.C. Schenck & G.S. Sm., G. custos C. Cano & Dalpé, G. mosseae (T.H. Nicolson & Gerd.) Gerd. & Trappe, and G. proliferum Dalpé & Declerck, showed less than 97% similarity for at least one gene. A 100% molecular similarity for all three genes was found between G. irregulare and Glomus sp. DAOM 197198, confirming the new identity of the model arbuscular mycorrhizal fungus. Similarity thresholds for identification by DNA sequencing are discussed.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».