Initial human transmission dynamics of the pandemic (H1N1) 2009 virus in North America
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Between 5 and 25 April 2009, pandemic (H1N1) 2009 caused a substantial, severe outbreak in Mexico, and subsequently developed into the first global pandemic in 41 years. We determined the reproduction number of pandemic (H1N1) 2009 by analyzing the dynamics of the complete case series in Mexico City during this early period. METHODS: We analyzed three mutually exclusive datasets from Mexico City Distrito Federal which constituted all suspect cases from 15 March to 25 April: confirmed pandemic (H1N1) 2009 infections, non-pandemic influenza A infections and patients who tested negative for influenza. We estimated the initial reproduction number from 497 suspect cases identified prior to 20 April, using a novel contact network methodology incorporating dates of symptom onset and hospitalization, variation in contact rates, extrinsic sociological factors, and uncertainties in underreporting and disease progression. We tested the robustness of this estimate using both the subset of laboratory-confirmed pandemic (H1N1) 2009 infections and an extended case series through 25 April, adjusted for suspected ascertainment bias. RESULTS: The initial reproduction number (95% confidence interval range) for this novel virus is 1.51 (1.32-1.71) based on suspected cases and 1.43 (1.29-1.57) based on confirmed cases before 20 April. The longer time series (through 25 April) yielded a higher estimate of 2.04 (1.84-2.25), which reduced to 1.44 (1.38-1.51) after correction for ascertainment bias. CONCLUSIONS: The estimated transmission characteristics of pandemic (H1N1) 2009 suggest that pharmaceutical and non-pharmaceutical mitigation measures may appreciably limit its spread prior the development of an effective vaccine.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».