Nucleotides bind to the C-terminus of ClC-5
Notice bibliographique
Résumé
Mutations in ClC-5 (chloride channel 5), a member of the ClC family of chloride ion channels and antiporters, have been linked to Dent's disease, a renal disease associated with proteinuria. Several of the disease-causing mutations are premature stop mutations which lead to truncation of the C-terminus, pointing to the functional significance of this region. The C-terminus of ClC-5, like that of other eukaryotic ClC proteins, is cytoplasmic and contains a pair of CBS (cystathionine beta-synthase) domains connected by an intervening sequence. The presence of CBS domains implies a regulatory role for nucleotide interaction based on studies of other unrelated proteins bearing these domains [Ignoul and Eggermont (2005) Am. J. Physiol. Cell Physiol. 289, C1369-C1378; Scott, Hawley, Green, Anis, Stewart, Scullion, Norman and Hardie (2004) J. Clin. Invest. 113, 274-284]. However, to date, there has been no direct biochemical or biophysical evidence to support nucleotide interaction with ClC-5. In the present study, we have expressed and purified milligram quantities of the isolated C-terminus of ClC-5 (CIC-5 Ct). CD studies show that the protein is compact, with predominantly alpha-helical structure. We determined, using radiolabelled ATP, that this nucleotide binds the folded protein with low affinity, in the millimolar range, and that this interaction can be competed with 1 muM AMP. CD studies show that binding of these nucleotides causes no significant change in secondary structure, consistent with a model wherein these nucleotides bind to a preformed site. However, both nucleotides induce an increase in thermal stability of ClC-5 Ct, supporting the suggestion that both nucleotides interact with and modify the biophysical properties of this protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».