Characterization of the Pentacoordinate Sodium Cations in Hydrated Nucleoside 5‘-Phosphates by Solid-State <sup>23</sup>Na NMR and Quantum Mechanical Calculations
Notice bibliographique
Résumé
We report a solid-state 23 Na NMR study for the sodium cations in four hydrated disodium salts of nucleoside 5‘-phosphates: 2‘-deoxycytidine 5‘-monophosphate (dCMP), 2‘-deoxyguanosine 5‘-monophosphate (dGMP), 2‘-deoxyuridine 5‘-monophosphate (dUMP), and adenosine 5‘-triphosphate (ATP). Using one- and two-dimensional solid-state NMR techniques, we were able to detect all crystallographically distinct Na + ions in each of the Na−nucleotide systems. A total of 12 Na sites were fully characterized, among which four exhibit unusual penta-coordination geometry. The present study provides the first reliable solid-state 23 Na NMR characterization for the pentacoordinate Na + ions in nucleoside 5‘-phosphates. Spectral assignment was achieved on the basis of quantum mechanical electric-field-gradient (EFG) calculations at the restricted Hartree−Fock level with a 6-31G(d) basis set. The pentacoordinate Na + ion found in [d(TG 4 T)] 4 by high-resolution X-ray crystallography was modeled by using an isolated guanine quartet together with a central Na + ion and an axial water molecule. Quantum mechanical calculations suggest that the 23 Na quadrupole coupling constant for this square-pyramidal Na site is large (ca. 3 MHz), providing a possible explanation for the previous failure in detecting this type of Na + ions by solid-state 23 Na NMR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».