Structures of Heparin-Derived Disaccharide Bound to Cobra Cardiotoxins: Context-Dependent Conformational Change of Heparin upon Binding to the Rigid Core of the Three-Fingered Toxin
Notice bibliographique
Résumé
Glycosaminoglycans (GAGs) have been suggested to be a potential target for cobra cardiotoxin (CTX) with high affinity and specificity via a cationic belt at the concave surface of the polypeptide. The interaction of GAGs, such as high-molecular weight heparin, with CTXs not only can induce aggregation of CTX molecules but also can enhance their penetration into membranes. The binding of short chain heparin, such as a heparin-derived disaccharide [DeltaUA2S(1-->4)-alpha-D-GlcNS6S], to CTX A3 from Taiwan cobra (Naja atra), however, will not induce aggregation and was, therefore, investigated by high-resolution (1)H NMR. A novel heparin binding site on the convex side of the CTX, near the rigid disulfide bond-tightened core region of Cys38, was identified due to the observation of intermolecular NOEs between the protein and carbohydrate. The derived carbohydrate conformation using complete relaxation and conformational exchange matrix analysis (CORCEMA) of NOEs indicated that the glycosidic linkage conformation and the ring conformation of the unsaturated uronic acid in the bound state depended significantly on the charge context of CTX molecules near the binding site. Specifically, comparative binding studies of several heparin disaccharide homologues with two CTX homologues (CTX Tgamma from Naja nigricollis and CTX A3) indicated that the electrostatic interaction of N-sulfate of glucosamine with NH(3)(+)zeta of Lys12 and of the 2-O-sulfate of the unsaturated uronic acid with NH(3)(+)zeta of Lys5 played an important role. These results also suggest a model on how the CTX-heparin interaction may regulate heparin-induced aggregation of the toxin via the second heparin binding site.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».