FlowRepository: A resource of annotated flow cytometry datasets associated with peer‐reviewed publications
Notice bibliographique
Résumé
DATA associated with peer-reviewed manuscripts should be easily available and accessible; however, the rapid expansion of flow cytometry (FCM) applications has outpaced the development of tools for storage, analysis, and data representation (1-3).In addition, data associated with peer-reviewed manuscripts are rarely available publicly and even then are usually not stored with explicit links to experimental metadata, such as data analyses procedures, experimental conditions used, or information about the samples processed.This link between data and metadata is crucial as it facilitates the understanding of analysis approaches and reproducible research.Having datasets linked to figures and summaries through a detailed explanation of the sample processing and analysis pipeline allows other scientists to ask additional questions and build upon the published findings. MIFLOWCYTTo efficiently exchange information, the community must first agree on the kind of information they want to store, although the precise content of documentation will vary by scientific area, study design, the type of data collected, and characteristics of the dataset.In flow cytometry, this need is addressed by the Minimum Information about a Flow Cytometry Experiment (MIFlowCyt) (4), which is accepted as a standard by the International Society for Advancement of Cytometry and several journals (e.g., Cytometry A and the Nature Publishing Group journals).However, providing the information specified by MIFlowCyt, including the raw data (FCS files), is often impractical within the context of a peerreviewed manuscript, and searching and retrieving data files of interest across various journals' supplementary information can be cumbersome.Scientific communities in the fields of microarray, proteomics, and sequencing provide public repositories for pub-lished data and are benefiting from reuse and re-exploration of existing data to test new or alternative hypotheses and methods of analysis.Until now, no such repository existed for flow cytometry, constraining open scientific inquiry and progress in the field.To address these needs, we developed a public resource (FlowRepository.org)for authors to deposit their FCM data, provide the MIFlowCyt information, and share annotated datasets upon publication.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,037 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,031 | 0,032 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,011 | 0,008 |
| Science ouverte | 0,008 | 0,008 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,317 | 0,315 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».