Analysis of diversity of natural populations and commercial lines of<i>Echinacea</i>using AFLP
Notice bibliographique
Résumé
An analysis of diversity of Echinacea native to North America, using amplified fragment length polymorphism (AFLP ® ), was carried out to complement a previously undertaken taxonomic revision of Echinacea that employed multivariate morphometrics. A total of 53 940 AFLP fragments, of which 40 455 were polymorphic, were scored on 435 individual plants from 58 populations consisting of ±10 individuals per population. The resulting polymorphism was sufficient to distinguish each plant. A monomorphic AFLP band and a polymorphic AFLP band that migrated at the same position, taken from samples of four species and eight varieties, were cloned, and multiple clones were sequenced. The polymorphic band at the same position across fragments was not identical, with identity as low as 23% compared with 50% identity of the monomorphic band, both of which were at the 100% threshold of sequence similarity. Thus, the AFLP banding profiles, irrespective of their sequence identity, were treated as phenotypes for population genetic, discriminant, and phylogenetic analyses. Variance components within populations and among populations within species were of equal magnitude, but the partitioned variation was slightly higher among varieties than among populations within varieties. Since no species-specific or variety-specific AFLP fingerprints were found, canonical discriminant analysis was conducted, resulting in support for four species but not for the varieties. Similar results were obtained with cluster and principal coordinate analyses, based on genetic distances. To achieve identification using AFLP fingerprints, various classificatory analyses were performed, followed by bootstrapping for validation. An example to identify an unknown plant at the species level with a minimum of 10 AFLP fragments, with greater than 82% overall correct classification, is provided. Phylogenetic analysis of all 435 individuals supported only Echinacea purpurea (L.) Moench and Echinacea laevigata (C.L. Boynton & Beadle) as separate entities, and only the three Echinacea atrorubens varieties and Echinacea pallida var. tennesseensis (Beadle) Binns, B.R. Baum & Arnason.Key words: Echinacea, population genetic analysis, multivariate analysis, AFLP band homologies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».