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Enregistrement W1974378947 · doi:10.1021/pr900900x

Organization of the Sec61 Translocon, Studied by High Resolution Native Electrophoresis

2010· article· en· W1974378947 sur OpenAlexaff
Kurt Dejgaard, Jean-François Théberge, Hannah M. Heath-Engel, Éric Chevet, Michel L. Tremblay, David Y. Thomas

Notice bibliographique

RevueJournal of Proteome Research · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTransloconBiophysicsSec61ChemistryRibosomeGel electrophoresisBiologyBiochemistryMembrane proteinMembraneRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cotranslational translocation of polypeptides into the ER is controlled by the dynamic interaction of ribosome and translocon components. Analysis of the steps involved in this process by high resolution techniques such as gel electrophoresis is precluded by the high molecular masses of these complexes. We show, here, that modifications to standard native electrophoresis protocols can overcome these problems and lead to an increase in mass range and resolution. Using the modified technique, we show that ER ribosome anchored membrane protein (RAMP) complexes resolve into 3 stable and semistable complexes which range in size between 4 and 8 MDa and are sensitive to relevant concentrations of divalent metals. We demonstrate the molecular composition of the complexes and identify a number of modular components that differentiate them. The components that are common to all three RAMP complexes include the OST translocon subcomplex, Glucosidase I and microtubule tethering protein CLIMP63. The two larger complexes further include the kinesin motor binding protein p180 and Sec61, and the largest complex includes the TRAP translocon component and apoptotic regulator BAP31. On the lumenal side, the BiP cochaperone ERdj3 resides with the three RAMP complexes. Our observations may hint at how subcompartmentalization is achieved in the ER membrane continuum.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,219

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,291
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations63
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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