Persistence of DNA of Gaeumannomyces graminis var. tritici in soil as measured by a DNA-based assay
Notice bibliographique
Résumé
There are an increasing number of assays available for fungal plant pathogens based on DNA technology. We have developed such an assay for Gaeumannomyces graminis var. tritici (Ggt) in soil, using slot-blot hybridisation. To ensure the validity of DNA-based soil assays for the fungus, it is important to determine the stability of Ggt DNA in soil. This study was undertaken to quantify the DNA degradation of dead Ggt in soil using a DNA-based assay. Mycelia were killed using various treatments, then DNA was extracted and estimated by a slot-blot hybridisation technique using the specific Ggt DNA probe, pG158. Mycelia were also killed using a fungicide (triadimefon) at a concentration of 150-250 microg ml(-1). The amount of detectable DNA of Ggt, killed using triadimefon, declined by 82-93%. Inoculum in the form of diseased wheat roots, artificially inoculated ryegrass seed, particulate soil organic matter and whole soil was killed using heat-treatment. The amount of detectable DNA of Ggt declined markedly (90%) in both heat-treated roots and inoculated ryegrass seeds, and declined by 50% in both treated soil and soil organic matter. The rate of DNA degradation of Ggt in soil varied with the type of inoculum. The amount of detectable DNA of Ggt in dead mycelia declined by 99.8% after 4 days of incubation in soil. No DNA was detected after 8 days of incubation. In contrast, Ggt DNA in live mycelia declined by 70% after 8 days of incubation and declined to 10% of original DNA level after 32 days. In ground ryegrass seed inoculum, DNA in both killed and live Ggt declined by 50% after 8 days. In diseased roots, DNA from both live and killed Ggt did not appear to decline over 16 days. Estimates of the amount of Ggt in the soil using a DNA-based assay reflect both live and dead populations of the fungus. The rate of breakdown of DNA of the dead fungus is very high and the presence of dead fungi in roots probably a rare event so the DNA from dead fungus probably contributes little to the total DNA level.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».