Exploring membrane protein structural features by oxidative labeling and mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Despite their biological importance, the structural characterization of integral membrane proteins (IMPs) by x-ray crystallography and NMR spectroscopy remains challenging. Hence, there is a need for complementary approaches that are capable of probing IMP conformational features in a robust fashion. Covalent labeling relies on the principle that solvent accessible regions can be modified by reactive species, whereas buried segments are protected. The readout of the labeling pattern is conducted by mass spectrometry. Hydroxyl radical (·OH) introduces oxidative modifications at amino acid side chains. In this article, the authors discuss the application of ·OH labeling for the structural interrogation of IMPs. Kyte-Doolittle hydropathy analyses are widely used for generating IMP topology models. The validation of these models by mutational techniques is labor intensive. ·OH labeling can readily distinguish transmembrane elements from solvent-exposed loops, thereby providing an alternative topology validation tool. For IMPs with published crystal structures, oxidative modifications can report on functionally relevant dynamic features that are invisible in the static x-ray data. The coupling of pulsed ·OH labeling with rapid mixing techniques represents a novel approach for studying IMP folding kinetics. In conclusion, ·OH labeling is a versatile tool that can provide insights into the structure and dynamics of IMPs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».