Conformational Studies of Methyl β-<scp>d</scp>-Arabinofuranoside Using the AMBER/GLYCAM Approach
Notice bibliographique
Résumé
Furanosides are important constituents of a number of glycoconjugates from many microorganisms. The highly flexible nature of these furanosyl moieties is believed to contribute significantly to their role in biological processes. Therefore, an understanding of the conformational preferences of these molecules is an important area of research. As part of a larger program involved in the conformational analysis of mycobacterial oligofuranosides, molecular dynamics simulations on methyl β-d-arabinofuranoside (3) have been carried out using the AMBER forcefield and the GLYCAM carbohydrate parameter set. This approach was used to predict the rotamer population distribution about the hydroxymethyl group (C4-C5 bond) as well as the ring puckering of this flexible ring system. Comparison of the conformer distributions obtained during the simulation of 3 using the TIP3P water model with those obtained by analysis of (1)H-(1)H coupling constant data indicated that this water model was insufficient to describe the solvation of this system. However, the use of the TIP4P and TIP5P models led to improved agreement with conformer populations obtained from NMR data.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».