Yoctomole detection of proteins using solid phase binding-induced DNA assembly
Notice bibliographique
Résumé
A binding-induced DNA assembly (BINDA) strategy is able to covert target-binding to amplifiable DNA assembly, thereby extending advances in DNA amplification to the detection of other non-amplifiable molecules. We describe here the concept of solid phase BINDA and demonstrate an approach of detecting proteins using affinity capture of the specific proteins on magnetic beads followed by BINDA. The antibody-coated magnetic beads are first introduced to capture target proteins from sample solutions. The unbound components are removed by washing. Two affinity probes, each conjugated to a DNA motif, are utilized to bind to the captured protein molecules. The binding of the two probes to the same target molecule induces assembly of the two DNA motifs that are conjugated to affinity ligands. Enzymatic ligation of the two DNA motifs generates a new DNA sequence that is then measured with real-time PCR. The highly sensitive real-time PCR detection of the DNA assembly provides an indirect detection of the target proteins that is responsible for the binding-induced DNA assembly. The incorporation of solid phase affinity capture effectively reduces the potential interferences from complex matrix and further improves the sensitivity of protein detection by pre-concentration. An application of the technique to the determination of prostate specific antigen in dilute serum shows a detection limit of 200 yoctomole (2×10(-22) mol) from a 20-μL sample. The concentration detection limit (10 attomolar) is 10-fold lower than using the homogeneous BINDA. Substantial reduction of background is a main reason for the improvement in detection limits observed with the BINDA assays. Solid phase BINDA complements to homogeneous BINDA for accomplishing ultrasensitive protein detection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».