Iron acquisition and its control in pseudomonas aeruginosa many roads lead to rome
Notice bibliographique
Résumé
Iron plays an important role in the pathogenesis and rhizosphere competence of the fluorescent group of pseudomonads and it is, thus, fitting that the characteristic fluorescence of these organisms is attributable to an iron-chelating molecule, pyoverdine. Pseudomonas aeruginosa is likely the best-studied member of this group, and while it synthesizes two siderophores, pyochelin and pyoverdine, it is also able to use a number of heterologous siderophores of fungal and bacterial origin and its genome is rich with homologues of iron-siderophore receptor genes, reflecting the enormous flexibility of the organism vis-a-vis iron carriers that it can use in nature. The ability to utilize a variety of heterologous siderophores is shared by other fluorescent pseudomonads and likely reflects both the importance of this vital nutrient for growth and survival and the need to compete with other microorganisms in the aquatic and terrestrial environments that they inhabit. Expression of the various receptors is, however, regulated, with receptor production responding positively to available siderophores only, and selection from multiple available siderophores based on their successful chelation of iron and subsequent transport. Thus, the superior siderophore in a given environment will upregulate the cognate receptor at the expense of other receptors. Such siderophore-dependent regulation of receptor gene expression is common in bacteria, particularly the fluorescent pseudomonads, and typically requires a signal transduction cascade that involves the receptor itself, whose binding to the siderophore initiates the cascade, as well as a regulatory protein pair that includes an environmentally-responsive so-called extracytoplasmic function (ECF) sigma factor, which activates receptor gene expression, and an anti-sigma factor that controls sigma factor activity. Despite the plethora of ferric siderophore receptors in P. aeruginosa, its genome sequence reveals a striking lack of obvious periplasmic and cytoplasmic membrane transport components capable of accommodating these molecules. Unlike e.g. Escherichia coli, then, where ferric siderophore permeases providing transport to the cytoplasm are clearly in evidence, iron-siderophore complexes in P. aeruginosa may be dissociated in the periplasm, with a common iron carrier then responsible for iron uptake into the cell interior.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».