Expression Profiling Reveals Novel Hypoxic Biomarkers in Peripheral Blood of Adult Mice Exposed to Chronic Hypoxia
Notice bibliographique
Résumé
Hypoxia induces a myriad of changes including an increase in hematocrit due to erythropoietin (EPO) mediated erythropoiesis. While hypoxia is of importance physiologically and clinically, lacunae exist in our knowledge of the systemic and temporal changes in gene expression occurring in blood during the exposure and recovery from hypoxia. To identify these changes expression profiling was conducted on blood obtained from cohorts of C57Bl-10 wild type mice that were maintained at normoxia (NX), exposed for two weeks to normobaric chronic hypoxia (CH) or two weeks of CH followed by two weeks of normoxic recovery (REC). Using stringent bioinformatic cut-offs (0% FDR, 2 fold change cut-off), 230 genes were identified and separated into four distinct temporal categories. Class I) contained 1 transcript up-regulated in both CH and REC; Class II) contained 202 transcripts up-regulated in CH but down-regulated after REC; Class III) contained 9 transcripts down-regulated both in CH and REC; Class IV) contained 18 transcripts down-regulated after CH exposure but up-regulated after REC. Profiling was independently validated and extended by analyzing expression levels of selected genes as novel biomarkers from our profile (e.g. spectrin alpha-1, ubiquitin domain family-1 and pyrroline-5-carboxylate reductase-1) by performing qPCR at 7 different time points during CH and REC. Our identification and characterization of these genes define transcriptome level changes occurring during chronic hypoxia and normoxic recovery as well as novel blood biomarkers that may be useful in monitoring a variety of physiological and pathological conditions associated with hypoxia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».