The Human Enhancer Blocker CTC-binding Factor Interacts with the Transcription Factor Kaiso
Notice bibliographique
Résumé
CTC-binding factor (CTCF) is a DNA-binding protein of vertebrates that plays essential roles in regulating genome activity through its capacity to act as an enhancer blocker. We performed a yeast two-hybrid screen to identify protein partners of CTCF that could regulate its activity. Using full-length CTCF as bait we recovered Kaiso, a POZ-zinc finger transcription factor, as a specific binding partner. The interaction occurs through a C-terminal region of CTCF and the POZ domain of Kaiso. CTCF and Kaiso are co-expressed in many tissues, and CTCF was specifically co-immunoprecipitated by several Kaiso monoclonal antibodies from nuclear lysates. Kaiso is a bimodal transcription factor that recognizes methylated CpG dinucleotides or a conserved unmethylated sequence (TNGCAGGA, the Kaiso binding site). We identified one consensus unmethylated Kaiso binding site in close proximity to the CTCF binding site in the human 5' beta-globin insulator. We found, in an insulation assay, that the presence of this Kaiso binding site reduced the enhancer-blocking activity of CTCF. These data suggest that the Kaiso-CTCF interaction negatively regulates CTCF insulator activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».