The information highways of a biotechnological workhorse – signal transduction in Hypocrea jecorina
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The ascomycete Hypocrea jecorina (anamorph Trichoderma reesei) is one of the most prolific producers of biomass-degrading enzymes and frequently termed an industrial workhorse. To compete for nutrients in its habitat despite its shortcoming in certain degradative enzymes, efficient perception and interpretation of environmental signals is indispensable. A better understanding of these signals as well as their transmission machinery can provide sources for improvement of biotechnological processes. RESULTS: The genome of H. jecorina was analysed for the presence and composition of common signal transduction pathways including heterotrimeric G-protein cascades, cAMP signaling, mitogen activated protein kinases, two component phosphorelay systems, proteins involved in circadian rhythmicity and light response, calcium signaling and the superfamily of Ras small GTPases. The results of this survey are discussed in the context of current knowledge in order to assess putative functions as well as potential impact of alterations of the respective pathways. CONCLUSION: Important findings include an additional, bacterial type phospholipase C protein and an additional 6-4 photolyase. Moreover the presence of 4 RGS-(Regulator of G-protein Signaling) proteins and 3 GprK-type G-protein coupled receptors comprising an RGS-domain suggest a more complex posttranslational regulation of G-protein signaling than in other ascomycetes. Also the finding, that H. jecorina, unlike yeast possesses class I phosducins which are involved in phototransduction in mammals warrants further investigation. An alteration in the regulation of circadian rhythmicity may be deduced from the extension of both the class I and II of casein kinases, homologues of which are implicated in phosphorylation of FRQ in Neurospora crassa. On the other hand, a shortage in the number of the pathogenicity related PTH11-type G-protein coupled receptors (GPCRs) as well as a lack of microbial opsins was detected. Considering its efficient enzyme system for breakdown of cellulosic materials, it came as a surprise that H. jecorina does not possess a carbon sensing GPCR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».