Improving Internal Peptide Dynamics in the Coarse-Grained MARTINI Model: Toward Large-Scale Simulations of Amyloid- and Elastin-like Peptides
Notice bibliographique
Résumé
We present an extension of the coarse-grained MARTINI model for proteins and apply this extension to amyloid- and elastin-like peptides. Atomistic simulations of tetrapeptides, octapeptides, and longer peptides in solution are used as a reference to parametrize a set of pseudodihedral potentials that describe the internal flexibility of MARTINI peptides. We assess the performance of the resulting model in reproducing various structural properties computed from atomistic trajectories of peptides in water. The addition of new dihedral angle potentials improves agreement with the contact maps computed from atomistic simulations significantly. We also address the question of which parameters derived from atomistic trajectories are transferable between different lengths of peptides. The modified coarse-grained model shows reasonable transferability of parameters for the amyloid- and elastin-like peptides. In addition, the improved coarse-grained model is also applied to investigate the self-assembly of β-sheet forming peptides on the microsecond time scale. The octapeptides SNNFGAIL and (GV)(4) are used to examine peptide aggregation in different environments, in water, and at the water-octane interface. At the interface, peptide adsorption occurs rapidly, and peptides spontaneously aggregate in favor of stretched conformers resembling β-strands.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».