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Enregistrement W1976900720 · doi:10.1371/journal.pone.0105542

Predicting Progression of Alzheimer’s Disease Using Ordinal Regression

2014· article· en· W1976900720 sur OpenAlexfundno aff
Orla Doyle, Eric Westman, André F. Marquand, Patrizia Mecocci, Bruno Vellas, Magda Tsolaki, Iwona Kłoszewska, Hilkka Soininen, Simon Lovestone, Steven Williams, Andrew Simmons

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDementia and Cognitive Impairment Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEngineering and Physical Sciences Research CouncilMenzies Centre for Australian Studies, King's College London, University of LondonUniversity of California, San DiegoNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of California, Los AngelesNational Institutes of HealthIXICOInnovative Medicines InitiativeStockholms Läns LandstingServierKuopion Yliopistollinen SairaalaKarolinska InstitutetKing's College LondonNational Institute on AgingNational Institute for Health and Care ResearchNorthern California Institute for Research and EducationEisaiGenentechUniversity of OxfordSwedish Brain PowerSynarcSouth London and Maudsley NHS Foundation TrustPfizerBiogenBioClinicaVersus ArthritisF. Hoffmann-La RocheEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsEli Lilly and CompanyItä-Suomen YliopistoMedpaceBristol-Myers SquibbEuropean CommissionMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeNovartis Pharmaceuticals CorporationWellcome TrustAlzheimer's AssociationFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésOrdinal regressionDementiaRegressionLinear regressionMedicineRegression analysisNeuroimagingAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeMultivariate statisticsCohortInternal medicineStatisticsArtificial intelligenceDiseaseMathematicsComputer sciencePsychiatry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We propose a novel approach to predicting disease progression in Alzheimer's disease (AD)--multivariate ordinal regression--which inherently models the ordered nature of brain atrophy spanning normal aging (CTL) to mild cognitive impairment (MCI) to AD. Ordinal regression provides probabilistic class predictions as well as a continuous index of disease progression--the ORCHID (Ordinal Regression Characteristic Index of Dementia) score. We applied ordinal regression to 1023 baseline structural MRI scans from two studies: the US-based Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) and the European based AddNeuroMed program. Here, the acquired AddNeuroMed dataset was used as a completely independent test set for the ordinal regression model trained on the ADNI cohort providing an optimal assessment of model generalizability. Distinguishing CTL-like (CTL and stable MCI) from AD-like (MCI converters and AD) resulted in balanced accuracies of 82% (cross-validation) for ADNI and 79% (independent test set) for AddNeuroMed. For prediction of conversion from MCI to AD, balanced accuracies of 70% (AUC of 0.75) and 75% (AUC of 0.81) were achieved. The ORCHID score was computed for all subjects. We showed that this measure significantly correlated with MMSE at 12 months (ρ = -0.64, ADNI and ρ = -0.59, AddNeuroMed). Additionally, the ORCHID score can help fractionate subjects with unstable diagnoses (e.g. reverters and healthy controls who later progressed to MCI), moderately late converters (12-24 months) and late converters (24-36 months). A comparison with results in the literature and direct comparison with a binary classifier suggests that the performance of this framework is highly competitive.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,013
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,027

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,013
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,094
Tête enseignante GPT0,357
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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