Quantification of Greenland halibut serum vitellogenin: a trip from the deep sea to the mass spectrometer
Notice bibliographique
Résumé
This paper focuses on the sequential steps involved in developing a technique for quantifying Greenland halibut vitellogenin, a serum protein biomarker, using a comprehensive mass spectrometric approach. In the first phase of this study, in-gel trypsin digestions of serum proteins separated by sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) were analyzed by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS). A characteristic band around a molecular mass of 185 kDa, present in the mature female specimens, but absent in the male samples, was identified as vitellognin according to the peptide mass fingerprint obtained by MALDI-MS. Subsequently, MALDI and electrospray ionization tandem mass spectrometry (ESI-MS/MS) analyses were performed on the digest of the vitellogenin band for de novo sequencing. From these studies, a characteristic 'signature' peptide (sequence: FFGQEIAFANIDK) was selected from a list of candidate peptides as a surrogate analytical standard used for quantification purposes. Sample preparation for vitellogenin quantification consisted of a simple one-step overnight trypsin digestion. Samples were spiked with an isotopologue signature peptide standard and analyzed by high-performance liquid chromatography (HPLC) coupled in-line to an electrospray quadrupole-hexapole-quadrupole tandem mass spectrometer, operated in selective reaction monitoring mode. Transitions [(m/z 750.0 --> 1020.4 and 750.0 --> 1205.4) and (754.8 --> 1028.6 and 754.8 --> 1213.2)] were monitored for the signature peptide and the internal standard, respectively. Samples obtained from the field showed that vitellogenin levels were in accordance with fish maturity determined by macroscopic examination of the gonad, proving this technique suitable for measuring vitellogenin as a serum protein biomarker for reproductive maturity in female fish.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».