Spectroscopic Characterization of YedY: The Role of Sulfur Coordination in a Mo(V) Sulfite Oxidase Family Enzyme Form
Notice bibliographique
Résumé
Electronic paramagnetic resonance (EPR), electronic absorption, and magnetic circular dichroism spectroscopies have been performed on YedY, a SUOX fold protein with a Mo domain that is remarkably similar to that found in chicken sulfite oxidase, Arabidopsis thaliana plant sulfite oxidase, and the bacterial sulfite dehydrogenase from Starkeya novella. Low-energy dithiolene --> Mo and cysteine thiolate --> Mo charge-transfer bands have been assigned for the first time in a Mo(V) form of a SUOX fold protein, and the spectroscopic data have been used to interpret the results of bonding calculations. The analysis shows that second coordination sphere effects modulate dithiolene and cysteine sulfur covalency contributions to the Mo bonding scheme. In particular, a more acute O(oxo)-Mo-S(Cys)-C dihedral angle results in increased cysteine thiolate S --> Mo charge transfer and a large g(1) in the EPR spectrum. The spectrosocopic results, coupled with the available structural data, indicate that these second coordination sphere effects may play key roles in modulating the active-site redox potential, facilitating hole superexchange pathways for electron transfer regeneration, and affecting the type of reactions catalyzed by sulfite oxidase family enzymes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».