Molecular characterization of the waxy locus in sorghum
Notice bibliographique
Résumé
A comparison of approximately 4.5 kb of nucleotide sequence from the waxy locus (the granule-bound starch synthase I [GBSS I] locus) from a waxy line, BTxARG1, and a non-waxy line, QL39, revealed an extremely high level of sequence conservation. Among a total of 24 nucleotide differences and 9 indels, only 2 nucleotide changes resulted in altered amino acid residues. Protein folding prediction software suggested that one of the amino acid changes (Glu to His) may result in an altered protein structure, which may explain the apparently inactive GBSS I present in BTxARG1. This SNP was not found in the second waxy line, RTx2907, which does not produce GBSS I, and no other SNPs or indels were found in the approximately 4 kb of sequence obtained from RTx2907. Using one indel, the waxy locus was mapped to sorghum chromosome SBI-10, which is syntenous to maize chromosome 9; the waxy locus has been mapped to this maize chromosome. The distribution of indels in a diverse set of sorghum germplasm suggested that there are two broad types of non-waxy GBSS I alleles, each type comprising several alleles, and that the two waxy alleles in BTxARG1 and RTx2907 have evolved from one of the non-waxy allele types. The Glu/His polymorphism was found only in BTxARG1 and derived lines and has potential as a perfect marker for the BTxARG1 source of the waxy allele at the GBSS I locus. The indels correctly predicted the non-waxy phenotype in approximately 65% of diverse sorghum germplasm. The indels co-segregated perfectly with phenotype in two sorghum populations derived from crosses between a waxy and a non-waxy sorghum line, correctly identifying heterozygous lines. Thus, these indel markers or sequence-based SNP markers can be used to follow waxy alleles in sorghum breeding programs in selected pedigrees.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».