Measurement of bond vector orientations in invisible excited states of proteins
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The focus of structural biology is on studies of the highly populated, ground states of biological molecules; states that are only sparsely and transiently populated are more difficult to probe because they are invisible to most structural methods. Yet, such states can play critical roles in biochemical processes such as ligand binding, enzyme catalysis, and protein folding. A description of these states in terms of structure and dynamics is, therefore, of great importance. Here, we present a method, based on relaxation dispersion NMR spectroscopy of weakly aligned molecules in a magnetic field, that can provide such a description by direct measurement of backbone amide bond vector orientations in transient, low populated states that are not observable directly. Such information, obtained through the measurement of residual dipolar couplings, has until now been restricted to proteins that produce observable spectra. The methodology is applied and validated in a study of the binding of a target peptide to an SH3 domain from the yeast protein Abp1p and subsequently used in an application to protein folding of a mutational variant of the Fyn SH3 domain where (1)H-(15)N dipolar couplings of the invisible unfolded state of the domain are obtained. The approach, which can be used to obtain orientational restraints at other sites in proteins as well, promises to significantly extend the available information necessary for providing a site-specific characterization of structural properties of transient, low populated states that have to this point remained recalcitrant to detailed analysis.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle