Novel Brn3a <i>cis</i>‐acting sequences mediate transcription of human trkA in neurons
Notice bibliographique
Résumé
TrkA, the receptor tropomyosin-related kinase for nerve growth factor, is critical not only for the correct spatial and temporal development of sensory neurons during embryogenesis but also for the survival of sensory neurons, the differentiation and apoptosis of neuronal tumors and suppression of latent herpes simplex virus genomes. While the regulation of the expression of trkA is a complex process, the transcription factor Brn3a is known to play an important role as an enhancer of trkA transcription during development in the mouse. Despite considerable information on the regulation of trkA during embryogenesis, the mechanisms by which the expression of trkA is regulated in differentiated neurons, or the factors that influence its expression in tumor cells, have not been identified. We initiated studies to determine whether Brn3a/trkA promoter interactions may be important in a model of differentiated neurons and in medulloblastoma cells. We constructed a plasmid that contains 1043 base pairs of genomic sequences that extend to 30 nucleotides upstream of trkA coding region. In contrast to previous data, a short 190 bp region that lies proximal to the trkA initiation codon was sufficient for Brn3a responsiveness in Vero cells. This region was also sufficient for Brn3a trans-activation in nerve growth factor-differentiated PC12 cells. At least two portions of the 190 bp fragment bind to Brn3a with an affinity high enough to be detected in electromobility shift assays. In addition, Brn3a increased levels of endogenous trkA transcripts in PC12 cells and initiated trkA expression in medulloblastoma cells, which normally do not express trkA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».