Development of Soluble Ester-Linked Aldehyde Polymers for Proteomics
Notice bibliographique
Résumé
High molecular weight hyperbranched polyglycerol (HPG) was selected for development as a soluble polymer support for the targeted selection and release of primary-amine containing peptides from a complex mixture. HPG has been functionalized with ester-linked aldehyde groups that can bind primary-amine containing peptides via a reductive alkylation reaction. Once bound, the high molecular weight of the polymer facilitates separation from a complex peptide mixture by employing either a 30 kDa molecular weight cutoff membrane or precipitation in acetonitrile. Following the removal of unbound peptides and reagents, subsequent hydrolysis of the ester linker releases the bound peptide into solution for analysis by mass spectrometry. Released peptides retain the linker moiety and are therefore characteristically mass-shifted. Four water-soluble cleavable aldehyde polymers (CAP1, CAP2, CAP3, and CAP4) ranging in types of linker groups, length of the linker groups, have been prepared and characterized, each demonstrating the ability to selectively enrich and sequence primary-amine peptides from a complex human proteome containing blocked (dimethylated amine) and unblocked (primary amine) peptides. The polymers have very low nonspecific peptide-binding properties while possessing significantly more reactive groups per milligram of the support than commercially available resins. The polymers exhibit a range of reactivities and binding capacities that depend on the type of linker group between the aldehyde group and the polymer. Using various linker structures, we also probed the mechanism of the observed dehydration of hydrolyzed peptides during matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».