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Enregistrement W1977803857 · doi:10.1021/bi050774y

Formation of an Antiparallel, Intermolecular Coiled Coil Is Associated with in Vivo Dimerization of Osmosensor and Osmoprotectant Transporter ProP in<i>Escherichia coli</i>

2005· article· en· W1977803857 sur OpenAlexaff
Alexander Hillar, Doreen E. Culham, Yaroslava I. Vernikovska, Janet M. Wood, Joan M. Boggs

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA and Nucleic Acid Chemistry
Établissements canadiensUniversity of GuelphHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAntiparallel (mathematics)ChemistryPeptideCoiled coilBiochemistryCysteineEscherichia coliBiophysicsHistidineRandom coilAmino acidCircular dichroismBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Membrane transporter ProP from Escherichia coli senses extracellular osmolality and responds by mediating the uptake of osmoprotectants such as glycine betaine when osmolality is high. Earlier EPR and NMR studies showed that a peptide replica of the cytoplasmic ProP carboxyl terminus (residues D468-R497) forms a homodimeric, antiparallel, alpha-helical coiled coil in vitro stabilized by electrostatic interactions involving R488. Amino acid replacement R488I disrupted coiled-coil formation by the ProP peptide, elevated the osmolality at which ProP became active, and rendered the osmolality response of ProP transient. In the present study, either E480 or K473 was replaced with cysteine (Cys) in ProP, a Cys-less, fully functional, histidine-tagged ProP variant, to use Cys-specific cross-linking approaches to determine if antiparallel coiled-coil formation and dimerization of the intact protein occur in vivo. The Cys at positions 480 would be closer in an antiparallel dimer than those at positions 473. These replacements did not disrupt coiled-coil formation by the ProP peptide. Partial homodimerization of variant ProP-E480C could be demonstrated in vivo and in membrane preparations via Cys-specific cross-linking with dithiobis(maleimidoethane) or by Cys oxidation to cystine by copper phenanthroline. In contrast, these reagents did not cross-link ProP with Cys at position 133 or 241. Cross-linking of ProP with Cys at position 473 was limited and occurred only if ProP was overexpressed, consistent with an antiparallel orientation of the coiled coil in the intact protein in vivo. Although replacement E480C did not alter transporter activity, replacement K473C reduced the extent and elevated the threshold for osmotic activation. K473 may play a role in ProP structure and function that is not reflected in altered coiled-coil formation by the corresponding peptide. Substitution R488I affected the activities of ProP-(His)(6), ProP-E480C, and ProP-K473C as it affected the activity of ProP. Surprisingly, it did not eliminate cross-linking of Cys at position 480, and it elevated cross-linking at position 473, even when ProP was expressed at physiological levels. This suggested that the R488I substitution may have changed the relative orientation of the C-termini within the dimeric protein from antiparallel to parallel, resulting in only transient osmotic activation. These results suggest that ProP is in monomer-dimer equilibrium in vivo. Dimerization may be mediated by C-terminal coiled-coil formation and/or by interactions between other structural domains, which in turn facilitate C-terminal coiled-coil formation. Antiparallel coiled-coil formation is required for activation of ProP at low osmolality.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,681

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,200
Écart entre enseignants0,195 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations32
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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